Il ritorno di Guidolin.

Nonostante il grande spezzone di campionato svolto da Papadopulo, e le lusinghe di una riconferma, Zamparini, forse suggerito dal fido Foschi, riprende Guidolin, arrivano Diana, Bresciano, Simplicio, ma essenzialmente Amauri, anche sè va via il neo campione del mondo Grosso.
L'inizio è scoppiettante, e dopo solo 3 giornate, il Palermo per la prima volta nella storia è primo da solo nella classifica di serie A a punteggio pieno. Nello stesso anno stabilì la migliore striscia di vittorie consecutive in A, = 5, rimanendo in testa alla classifica appaiata con l'Inter per 11 giornate con 27 punti, sui 33 disponibili.
Qui cominciò il periodo nero, due sconfitte e due pareggi consecutivi, e nell'ultimo di Siena, perse per infortunio Amauri, e dopo la sconfitta di Roma, collezionò ancora 3 vittorie, finendo terzo alla fine del girone d'andata, mentre fù eliminato nella fase a gironi della coppa uefa.

In seguito ai gravi incidentidel 2 febbraio 2007, di Catania-Palermo, e la morte dell'Ispettore Raciti, tutte le competizioni dalla serie A, al settore giovanile, sono state sospese fino a nuova determinazione.
Alla ripresa del campionato, complice la lunga assenza di Amauri, per il Palermo iniziò, una terribile crisi di gioco e di risultati, che portarono la squadra dal terzo posto (Champions), con 15 punti di vantaggio sulla quinta, al quinto.
Esonerato Guidolin, fù rimpiazzato dalla coppia Gobbo (che era il secondo) - Pergolizzi (allenatore della primavera), il cambio non portò il cambio di rotta sperato, si perse in casa anche con l'Ascoli ultimo e già retrocesso, e con la squadra ormai settima, Zamparini richiamò Guidolin per le ultime due gare, per provare almeno a rientrare in Europa, con la coppa Uefa.
Grazie a due vittorie il Palermo arrivò quinto e si qualificò per la terza volta consecutiva alla coppa Uefa, conquistando il record di punti in serie A (58), poi superato nel 2010, dallo strepitoso nonostante parziale campionato di Delio Rossi, con 63 punti.
Il rapporto con Guidolin si era incrinato, e non sono bastati i 58 punti e la terza europa consecutiva, per farlo rimanere, e per la stagione 2007-2008 assume Colantuono.